La justicia estadunidense registra 63 casos contra Ismael El Mayo Zambada García y su involucramiento en 921 expedientes.

En algunos casos, los mandamientos fueron desestimados, como ocurrió con el expediente más antiguo, que se inició en junio de 1997 y se localiza en los archivos judiciales de un tribunal de Arizona. En ese entonces, el juez de primera instancia Raymond T. Terlizzi fue quien libró la orden de aprehensión, pero la acusación se desestimó en marzo de 2021.

En México existen cuatro órdenes de aprehensión contra Zambada García por delitos contra la salud y operaciones con recursos de procedencia ilícita.

En tanto, autoridades de Estados Unidos han informado que se le juzgará al menos por 17 cargos de narcotráfico y operaciones con recursos de procedencia ilícita, aunque los registros judiciales de ese país señalan la existencia de 63 casos en los que se le han formulado acusaciones y se le menciona en 921 expedientes.

Entre los casos que se pueden consultar en Internet se encuentra, por ejemplo, una acusación de 2003 por el aseguramiento de un cargamento de cocaína. Éste se inició en un tribunal de distrito en Columbia, en Carolina del Sur, y la orden fue librada por la jueza Deborah A. Robinson.

La justicia estadunidense solicitó que el expediente fuera sellado (considerado confidencial) debido a que en él se presentaron acusaciones contra Vicente Zambada Niebla, hermano de El Mayo, quien compareció como testigo colaborador en el juicio a El Chapo .

En 2012, en Texas, dentro del expediente 3:12-cr-00849, la jueza Kathleen Cardone, emitió orden de arresto para El Chapo y también contra El Mayo.

Asimismo, en 2014 una corte en Dakota del Sur libró otra orden de aprehensión contra El Mayo, su hijo Ismael Zambada Imperial e Iván Archivaldo Guzmán, El Chapito, hijo de El Chapo.

En los registros judiciales se menciona a Zambada García en casos iniciados contra integrantes del cártel de los hermanos Beltrán Leyva, como ocurrió en el expediente 1:09-cr-00466, presentado en 2009, y en el que se incluyó a Héctor Beltrán Leyva.