A Guillermo Soberón se le recuerda por su capacidad como líder y para integrar equipos, con los cuales desarrolló proyectos en la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), el sector salud e, incluso, en el ámbito privado, en el que contó con el apoyo de empresarios para crear la Fundación Mexicana para la Salud (Funsalud). Desde ahí, en al menos dos sexenios, el médico promovió investigaciones y proyectos que se convirtieron en política pública.

Admirado y respetado por muchos a quienes se identifica como parte del grupo de Soberón, el médico también concitó la animadversión de sectores que lo señalan, entre otras cuestiones, por su actitud contraria a la organización sindical de los trabajadores universitarios. El movimiento de 1976 y 1977, en una huelga que concluyó con la entrada de la policía a Ciudad Universitaria, fue uno de los hechos que marcó su gestión como rector de la UNAM.

En sus más de 60 años de trayectoria, el mayor privilegio de su vida fue haber sido rector de la máxima casa de estudios (1973 a 1981). Así lo plasmó en sus memorias El médico, el rector, que publicó con motivo de su 90 aniversario. Ahí da cuenta de su actividad en el servicio público.

En la UNAM promovió la creación de unidades académicas y la descentralización de Ciudad Universitaria con las Escuelas Nacionales de Estudios Profesionales (ENEP) Aragón, Acatlán e Iztacala. También la creación de la Universidad Autónoma Metropolitana (UAM), el fortalecimiento de los Colegios de Ciencias y Humanidades, así como la construcción del Centro Cultural Universitario, entre otros.

Al término de su rectorado pasó al campo de la salud, primero como coordinador de los Servicios de Salud de la Presidencia de la República y luego como titular de la entonces Secretaría de Salubridad y Asistencia (1982-1988). La modernización del sector fue uno de sus principales propósitos, además de la reforma constitucional para incluir el derecho a la protección de la salud. Asimismo, inició la descentralización de los servicios a los gobiernos de los estados.

En ese periodo creció la cobertura de vacunación infantil y el programa de planificación familiar, y comenzó la lucha contra el VIH/sida. Soberón también estimuló la investigación con una nueva figura: la Coordinación de los Institutos Nacionales de Salud.

También impulsó la creación de Funsalud, donde se realizaron investigaciones, varias de ellas a cargo de expertos mexicanos que se encontraban en el extranjero y a quienes Soberón trajo de regreso.

Entre esos trabajos destaca, por su trascendencia, el Sistema de Protección Social en Salud, y su brazo operativo, el Seguro Popular, diseñado por Julio Frenk Mora desde mediados de los años 90. Esta herramienta se concretó con la reforma de 2003 a la Ley General de Salud, pues a instancias de Soberón Acevedo se designó a Frenk Mora como secretario de Salud en el gobierno panista de Vicente Fox.

Hasta entonces, el ex rector de la UNAM había trabajado en administraciones priístas, por lo que era de suponerse que con 75 años de edad pensaría en su retiro. Unos días antes del término del sexenio de Ernesto Zedillo y al preguntarle sobre su actividad futura, contestó: Me voy a mi casa a ponerme las pantuflas.