Los servicios de salud IMSS-Bienestar incluyen la atención de enfermedades de alta especialidad. Aunque la etapa inicial del nuevo esquema sanitario se ha concentrado en la organización e inversión en infraestructura y contratación de personal, enfocado en el primer y segundo niveles de atención, el proyecto de estatuto orgánico prevé contar con una estructura dedicada a los padecimientos complejos.

El documento sometido a consulta en la Comisión Nacional de Mejora Regulatoria plantea que una de las nueve coordinaciones de la Unidad a la Atención a la Salud será la de Hospitales de Alta Especialidad y Programas Especiales.

Un grupo de expertos se encargará de definir los padecimientos complejos y evaluar los casos que requieran medicinas de alto costo, los cuales se pagarán con los recursos del Fondo de Salud para el Bienestar (antes conocido como Fondo de Protección contra Gastos Catastróficos).

Además de la de atención a la salud, IMSS Bienestar se integrará con otras tres unidades: de Administración y Finanzas, de Infraestructura y Jurídica, cada una con varias coordinaciones bajo su responsabilidad.

La estructura también prevé la existencia de otras tres coordinaciones: Acción Comunitaria, de Planeación Estratégica y de Transparencia y Vinculación y el Órgano Interno de Control.

En total, serán 30 mandos altos y medios, incluido el director general, que laborarán en las oficinas que primero fueron del Seguro Popular y luego del Instituto de Salud para el Bienestar, ubicadas en la colonia Guadalupe Inn en la Ciudad de México.