Su ruptura con el catolicismo causó gran escándalo en la primavera de 1871, al hacer pública su conversión al protestantismo. El origen de la conmoción entre las cúpulas eclesiásticas católicas de la Ciudad de México es que Manuel Aguas, fraile dominico, había ocupado lugares de relevancia en el clero. El último fue el de confesor del cabildo de la Catedral de México.

El 16 de abril del año mencionado Manuel Aguas dirige una carta al superior de los dominicos, Nicolás Arias, en la cual explica que cuando todavía fungía como párroco de Azcapotzalco, primeros meses de 1868, se inicia un proceso de revisión de sus creencias católicas romanas. Llegan a sus manos folletos protestantes distribuidos por núcleos de creyentes evangélicos, particularmente del principal de ellos: el liderado por Sóstenes Juárez en la calle San José el Real, número 21 (junto a la Profesa, en las actuales calles de Isabel la Católica esquina con Madero), en la Ciudad de México. Sóstenes era un liberal que combatió a las fuerzas de ocupación francesas y alcanzó el grado de mayor.

El caso de Manuel Aguas trasciende los círculos eclesiásticos, porque la misiva de su ruptura con el catolicismo es reproducida en El Monitor Republicano. De ahí la toman publicaciones periódicas del país y la dan a conocer a sus lectores. La pieza escrita provoca polémicas entre conservadores y liberales. Los primeros expresan sus enconadas críticas al nuevo ministro protestante, sobre todo en el diario La Voz de México. Los segundos concuerdan en que Aguas tiene el derecho, protegido por las Leyes de Reforma, para elegir y practicar su nueva identidad religiosa. Las tribunas en que se manifiesta esta postura son, principalmente, El Monitor Republicano, El Siglo Diez y Nueve y El Federalista.

El siempre atento a lo que sucedía en la sociedad mexicana, para entonces en la cúspide de su fama, Ignacio Manuel Altamirano asiste a la apertura de San José de Gracia (Mesones 139) como lugar de cultos protestantes. El domingo 23 de abril de 1871 la llamada Iglesia de Jesús, movimiento en que Aguas desempeña un papel preponderante, tiene actividades en San José de Gracia que Altamirano consigna así: “La concurrencia era inmensa, hasta el punto de llenar completamente la nave del templo durante todo el día. Sabemos que se colocaron mil 500 sillas, las cuales no bastaron, y numerosos fieles quedaron en pie […]. La concurrencia era compuesta de todas clases, sexos y edades: señoritas, caballeros, artesanos, numerosos indígenas. Todos estaban confundidos en un solo sentimiento de verdadera fraternidad, según el espíritu del Evangelio, y todos leían en sus rituales y cantaban sus himnos”.

La excomunión de Aguas es breve pero saturada de estigmatizaciones. Además de apóstata, hereje y errático, la sentencia lo considera cismático, contumaz, obstinado, extraviado, criminal, ofensor, inmoral, en ruina espiritual, destructor, heterodoxo, irrespetuoso, desobediente, temerario, pernicioso, rebelde y falto de gratitud a la Iglesia católica.

El ex dominico responde a Pelagio Antonio de Labastida y desde las primeras líneas muestra la posición frontal que asume contra el eclesiástico católico que se opuso férreamente a la Constitución de 1857 y las Leyes de Reforma; promotor principal del imperio de Maximiliano. Se refiere al clérigo como “señor obispo de la secta romana establecida en México”, la que considera contraria a las enseñanzas del Evangelio. Aguas explica las razones para salir del catolicismo: “Plenamente convencidos los protestantes de que vuestra Iglesia no es una, ni santa, ni católica, ni apostólica, creemos que es una secta herética, sacrílega e idólatra, y por esto nos hemos apresurado a separarnos de ella”.

En la capital del país y entidades circundantes la Iglesia de Jesús, informa Aguas, da forma o se adhieren a ella células prexistentes y juntas suman 60 congregaciones. En Mesones 139 se reúnen en los tres servicios dominicales más de 3 mil personas. La prensa refiere lo que ahí acontece, unas veces para denostarlo sin ambages y otras con simpatía, porque va conformándose una alternativa religiosa al catolicismo romano.

El caso de Manuel Aguas deja plena constancia de una vertiente del protestantismo decimonónico mexicano que arroja fuertes evidencias sobre su carácter endógeno. El enraizamiento del protestantismo en el país no puede explicarse exclusivamente por los esfuerzos misioneros exógenos que promovieron esa creencia. Junto con Aguas, antes y después, hubo hombres y mujeres nacionales que por distintas vías y esfuerzos inician y/o consolidan comunidades protestantes, en las cuales el rol de los misioneros extranjeros es inexistente o mínimo.

Manuel Aguas muere de gastroenteritis el 18 de octubre de 1872, hace 150 años. Un concurrido cortejo fúnebre recorrió las calles desde el Centro Histórico hasta el Panteón Americano, donde le fueron rendidos honores.