El inicio de la guerra fría en 1947 cambió el significado del sistema interamericano en la política exterior de Estados Unidos. En marzo de ese año se puso en práctica la Doctrina Truman de “contención” del comunismo; EU se proclamó “guardián” del “mundo libre” y en septiembre siguiente se firmó en Río de Janeiro el Tratado Interamericano de Asistencia Recíproca (TIAR), para la unificación militar continental bajo la dirección estratégica del Pentágono.

En 1948 se creó la Organización de Estados Americanos, que proporcionó el piso jurídico-político para que organismos como la Junta Interamericana de Defensa (creada en 1942) y el Colegio Interamericano de Defensa pudieran articularse en función de los intereses hegemónicos de EU. A su vez, los programas de ayuda militar bilaterales fueron el punto de partida para que los ejércitos latinoamericanos se afincaran en la órbita tecnológica y operativa del Pentágono.

La Ley de Seguridad Nacional de EU (1947) fue el principal instrumento para el desarrollo de la concepción del Estado de seguridad nacional. Por medio de esa ley se crearon el Consejo de Seguridad Nacional y la Agencia Central de Inteligencia. El concepto “Estado de seguridad nacional” se consolidó como categoría política en la ‘zona de influencia’ de EU −América Latina y el Caribe− y se usó para designar la defensa militar y la seguridad interna bajo la ideología del anticomunismo.

En los años 60, los ejércitos latinoamericanos −México incluido− adoptaron la Doctrina de Seguridad Nacional, que les dio un protagonismo decisivo en los asuntos internos de cada país. La necesidad de un “enemigo” que diera sentido a la acción militar y reforzara la identidad corporativa de los ejércitos del área, se basó en la lógica castrense de la oposición “amigo-enemigo”, que derivó en el concepto de “enemigo interno”, transformando al adversario político en blanco de la represión institucional en clave de guerra antisubversiva. Simplificados los conflictos internos como expresión del antagonismo comunismo-democracia, el papel de los militares se asemejó al de un ejército de ocupación, donde el “enemigo” fueron importantes porciones de la población civil.

La Doctrina de Seguridad Nacional se convirtió en ideología castrense y la seguridad se militarizó. Mediante la aplicación de la contrainsurgencia contra el “enemigo interno”, tales prácticas derivaron en algunos países en terrorismo de Estado. Muchas veces, las instituciones encargadas de la seguridad del Estado recurrieron a escuadrones de la muerte y al paramilitarismo, grupo delictivo utilizado por el Estado para usar la fuerza de manera ilegal; es como si tuviera una cuarta fuerza castrense, la irregular. Al amparo de la influencia política, ideológica y militar de EU, las dictaduras de la seguridad militar fueron la culminación de un proceso histórico adverso a la consolidación de las prácticas democráticas. En su fase represiva, la Doctrina de Seguridad Nacional llevó a la violación masiva de los derechos humanos.

En México, en los años 60, el Estado usó al Ejército en actividades policiales y de facto se le eximió de actuar en la legalidad. La guerra sucia tuvo como epicentro Guerrero. Al Ejército se le permitieron operaciones de contrainsurgencia en un contexto que el derecho internacional humanitario reconoce como “conflicto interno” y se cometieron crímenes de guerra que transgredieron el orden constitucional y los Convenios de Ginebra suscritos por México, que no se pueden amparar en el fuero militar y son considerados crímenes de lesa humanidad imprescriptibles. Crímenes que fueron imputados a las fuerzas armadas y otros organismos de seguridad del Estado que tienen que ver: a) con el derecho de guerra; b) con las garantías individuales que todo Estado está obligado a salvaguardar aun en estado de emergencia, y c) con los derechos humanos fundamentales, imprescriptibles, establecidos en la Constitución, las leyes y el derecho internacional.

Hubo entonces cientos de detenciones arbitrarias sin que mediara flagrancia, sin órdenes de un juez y sin que los detenidos fueran remitidos a la autoridad correspondiente. En los poblados el Ejército cometió allanamientos de morada sin órdenes judiciales, realizó detenciones ilegales, saqueó, cometió vandalismo, torturó, violó mujeres y asesinó a decenas de personas, según consignó en 2005 el Informe de la Fiscalía Especial para Movimientos Sociales y Políticos del Pasado (Femospp), creada para cumplir la recomendación 26/2001 de la Comisión Nacional de los Derechos Humanos.

Ese informe señala que, siguiendo una política de Estado de contraguerrilla, bajo los mandatos de Gustavo Díaz Ordaz, Luis Echeverría Álvarez y José López Portillo, el Ejército cometió homicidios porque “no tiene la técnica, el armamento ni la capacitación policial” para detener a presuntos delincuentes, sino que tira a matar; porque había órdenes expresas de “exterminar” a las “gavillas”; porque en los reportes militares se consignaba que el homicidio se había cometido al “repeler una agresión”; porque nunca hubo un peritaje serio.

Como en otros países de Latinoamérica hubo rastrillaje; la población campesina fue tomada como objetivo militar y obligada a concentrare en poblados mayores donde el Ejército tendió un cerco, proceso de desplazamiento forzado conocido como “aldea vietnamita”; se encarceló a inocentes que fueron tomados como rehenes de operaciones castrenses; contra lo establecido por la Constitución, cientos de civiles fueron llevados a campos militares (algunos clandestinos) y muchos siguen hoy desaparecidos.

En 2005, la Femospp consignó que “no se puede aducir ‘obediencia debida’, ya que el Código Militar” establece que “queda estrictamente prohibido al militar dar órdenes cuya ejecución constituya un delito; el militar que las expida y el subalterno que las cumpla, serán responsables conforme al Código de Justicia Militar (art. 14)”, y que, “cuando se agravia a la sociedad, no es sostenible ninguna excusa de ‘cumplimiento del deber’ o ‘razón de Estado’”.