El periodo 1999-2015 representó para la UNAM una fase de especial complejidad. Dos rectorados que, encabezados por los médicos Juan Ramón de la Fuente y José Narro, manifestarán su especificidad y representarán una suerte de ciclo largo para la institución.
Son los años de la primera alternancia: el ascenso del panismo y la vuelta del priísmo al poder. Aunque se trata de una etapa de sucesiones partidistas, es posible sostener que las políticas gubernamentales se inscriben en un contexto transexenal y transpartidista. Así, durante los gobiernos de Fox, Calderón y Peña, las directrices de gobierno alcanzaron un alto nivel de confluencia. El último tramo de esos años, 2012-15, incluye el Pacto por México, que corona la alianza interpartidista y plantea varias reformas estructurales –educativa, energética y de comunicaciones– que darán rumbo a las políticas oficiales. Tal escenario será acompañado por una polarización social creciente y por la exacerbación de la violencia y la inseguridad.
Para la UNAM se trata de un lapso de gran intensidad en que caben hechos que van desde la huelga de 1999-2000 hasta la condición inédita de tener dos rectorados consecutivos de ocho años. La gestión de De la Fuente (1999-2003 y 2003-07) muestra paralelismos ante el modelo de los rectores Soberón y Sarukhán, quienes, habiendo encabezado la UNAM por dos periodos, dejaron profunda impronta en todos sus ámbitos. Ambos iniciaron su gestión tras profundas crisis y se centraron, en el primer periodo, en el manejo del conflicto, mientras, en el segundo, impulsaron reformas académicas. De la Fuente no fue la excepción e inició un notable esfuerzo para recuperar el orden e impulsar la reconstrucción de la imagen universitaria. Es pertinente citar la incorporación de la UNAM al esquema de rankings internacionales.
Un factor relevante durante el inicio de la nueva gestión –cuyo titular provenía del gabinete del presidente Zedillo– fue la nueva conformación política nacional, la cual ejercería significativos ecos en la institución. Así, la llegada del panista Fox al gobierno y la consecuente redefinición de las élites políticas representaron un sensible distanciamiento de la institución ante el gobierno federal. Mientras, las relaciones institucionales con otros ámbitos de poder, como el Legislativo o el gobierno de la Ciudad de México, se fortalecieron, contrarrestando el alejamiento y permitiendo una relativa fuerza a la UNAM en temas como el presupuesto y en su presencia ante el amplio escenario nacional. En la institución operaría una recomposición de los grupos políticos, abriendo posiciones a actores ajenos al panismo, pero también a un segmento de la izquierda universitaria que se integraba al gobierno de la UNAM. Ello operaría en favor de otro discurso institucional que se expresaba en pro de la universidad pública, de la gratuidad de la educación superior y de la defensa del bachillerato de la UNAM, temas hasta entonces promovidos desde las posiciones críticas.
En plena huelga y desde su primer mensaje al CGH, el rector hará énfasis en su disposición negociadora. Además, al iniciar 2000, el rector presentaría una propuesta de congreso universitario, el cual se perfilaba como un elemento para contener las demandas estudiantiles. La propuesta, rechazada por el CGH, incluía la suspensión del nuevo reglamento de pagos, el retiro de actas y sanciones, así como la interrupción de las relaciones de la universidad con el Centro Nacional para la Evaluación. El 20 de enero se efectuaría un plebiscito: casi 180 mil universitarios manifestaron su apoyo a la propuesta. Sin embargo, ante la poca efectividad del plebiscito, el 6 de febrero de 2000 la Policía Federal ocupará las instalaciones universitarias y pondrá fin a la huelga con la aprehensión de casi mil estudiantes.
Las autoridades instaurarían una estrategia de recuperación institucional en varios planos. Uno era el de diálogo y conciliación planteando la viabilidad de impulsar una reforma universitaria y creando estructuras para la contención política del conflicto. Si bien tales estructuras enfrentaron reiterados cuestionamientos a su representación, también tuvieron un señalado papel en la desactivación de la crisis institucional.
Conforme se avanzaba en la recuperación institucional –y aún con cierres intempestivos en espacios universitarios– se forjaba un compromiso para promover un proyecto de reforma. Así, la universidad lograba desactivar un conflicto en que habían participado múltiples fuerzas y plantaba cara a un gobierno que ponía en duda el papel de la institución.
Enrique Semo, profesor emérito de la UNAM, lo expresaba: “Debe decirse en honor a la comunidad universitaria y a los sectores progresistas de la sociedad, que esa campaña [de desprestigio] ha tenido éxitos limitados. […] La UNAM sigue en pie, centro de desarrollo científico, de irradiación cultural y ejemplo de vinculación de la intelectualidad con los sectores más desprotegidos de la sociedad. La imposición del modelo neoliberal ha avanzado dentro y fuera de la UNAM, pero está lejos de haber triunfado (“La universidad pública bajo ataque”, Proceso 1296, 2/9/01).