El extinto Centro de Investigación y Seguridad Nacional (Cisen) se convirtió en el semillero con el cual el ex secretario de Seguridad Pública (SSP) federal, Genaro García Luna, conformó el grupo de colaboradores que entre el año 2000 y 2012 se convirtieron en los principales impulsores de la restructuración policial en el país y la guerra contra el narcotráfico, y también en los ex funcionarios más señalados de colaborar con grupos delictivos, principalmente el cártel de Sinaloa y algunas de sus escisiones, entre ellas el grupo de los hermanos Beltrán Leyva.
Sin embargo, en 2008 y presuntamente por el incumplimiento de acuerdos de protección a los narcotraficantes, tres de los principales operadores de García Luna fueron asesinados, y desde el año pasado, otros dos se encuentran acusados de narcotráfico en Estados Unidos.
Con la llegada del gobierno de Vicente Fox, Genaro García Luna comenzó su ascendente carrera al ser designado titular de la Policía Judicial Federal (PJF), que transformó en la Agencia Federal de Investigación (AFI), una corporación dependiente de la entonces Procuraduría General de la República (PGR).
Entre los servidores públicos con los que conformó su equipo más cercano –la mayoría de ellos con quienes coincidió en el Cisen–, estaban Francisco Javier Garza Palacios, Luis Cárdenas Palomino, Facundo Rosas Rosas, Tomás Zerón de Lucio, Vidal Diazleal Ochoa, Ramón Eduardo Pequeño García, Manuel Becerril Mina, Edgar Eusebio Millán Gómez, Domingo González Díaz y Gerardo Garay Cadena.
En 2004 comenzaron los señalamientos de presuntos casos de vinculación de colaboradores de García Luna con grupos delictivos –actualmente el ex secretario está sujeto a proceso penal ante la Corte de Nueva York por parte del gobierno de Estados Unidos por su vinculación con el cártel de Sinaloa–. En ese año, en inmediaciones de las instalaciones de la AFI, aparecieron varias coronas fúnebres supuestamente contra mandos de la corporación; entre ellos, Domingo González fue señalado de haber incumplido acuerdos con el jefe del cártel de Sinaloa en Tamaulipas y que tenía confrontaciones con el cártel de Los Zetas.
Domingo González no fue detenido a pesar de que se inició una averiguación previa y se libró una orden de aprehensión en su contra.
Tras su paso por la PGR, García Luna fue designado titular de la extinta secretaría de Seguridad Pública federal por el presidente Felipe Calderón; en 2008, varios de sus más cercanos colaboradores fueron asesinados en la Ciudad de México, presuntamente por haber traicionado los acuerdos que tenían con miembros del cártel de Sinaloa y de la organización de los hermanos Beltrán Leyva.
Roberto Velasco Bravo, integrante de la Dirección de Operaciones de la PF, y Édgar Eusebio Millán Gómez, comisionado de la Policía Federal, fueron asesinados tras un operativo en contra de los Beltrán Leyva, y también fue ejecutado Igor Alfredo Labastida Calderón, cuando salía de un restaurante en la colonia Argentina.
Contra Javier Garza Palacios no existe orden de aprehensión luego de no haber actuado contra varios sicarios que se trasladaron por carreteras de Sonora y realizaron diversos ataques, pero fue designado como agregado de la SSP federal en Colombia.
En esos hechos también debían actuar Tomás Zerón de Lucio y Vidal Diazleal Ochoa. El primero de ellos se encuentra prófugo de la justicia mexicana, ya que existen dos órdenes de aprehensión en su contra por actos de tortura; Diazleal está sujeto a investigación por el mismo delito y actos de corrupción cuando dirigió la AFI en el gobierno de Enrique Peña Nieto.
Uno de los hombres cercanos a García Luna, que declaró ante las autoridades que brindaba protección a integrantes del cártel de Sinaloa, es Édgar Enrique Bayardo del Villar, quien también era informante de la agencia antidrogas de Estados Unidos (DEA, por sus siglas en inglés). Un hombre lo asesinó en la colonia Del Valle en diciembre de 2009.
El más reciente caso en que uno de los colaboradores de García Luna es encarcelado es el de Luis Cárdenas Palomino, quien está sujeto a proceso por tortura en contra de varios presuntos integrantes de una banda de secuestradores, y se le han hecho cargos por narcotráfico en Estados Unidos, aunque no se ha solicitado su extradición a ese país.