Un total de 456 elementos del Ejército se encuentran actualmente privados de su libertad en las tres prisiones militares que existen en el país, acusados principalmente por delitos contra la salud o faltas a la disciplina castrense.
De éstos, sólo poco más de la cuarta parte ya han sido sentenciados, el resto permanecen bajo proceso en prisión preventiva.
Actualmente funcionan tres cárceles militares en todo el país, una en el Campo Militar 1, en la Ciudad de México; otra en la III Región Militar, en Mazatlán, Sinaloa; y otra más en la V Región Militar, en La Mojonera, Jalisco.
Es en la prisión del Campo Militar 1, donde se encuentra el mayor número de presos, un total de 310, incluyendo a las únicas cuatro mujeres sujetas a proceso en tribunales castrenses.
En 2012, la Suprema Corte de Justicia de la Nación sentó jurisprudencia, en el sentido de que, si un militar comete un delito cuya víctima sea un civil, el caso debe ser resuelto por jueces del fuero común o federal, y no en un tribunal castrense.
Esta decisión llevó a modificar el artículo 57, fracción III, del Código de Justicia Militar, y desde entonces todos los miembros del Ejército acusados de delitos como agresiones, robo, abuso de autoridad u otros, donde la víctima sea civil, permanecen presos en cárceles federales.
La premisa se aplica hoy día incluso a casos de narcotráfico donde el acusado es un militar, pues se advierte que el bien jurídico afectado con esa conducta delictiva es de la esfera civil.
Estas reformas redujeron la población de las cárceles militares, a lo que se sumó el llamado Nuevo Sistema de Justicia Penal con los juicios orales, que permitieron abreviar los procesos que antes se prolongaban por años.