A lo largo de más de medio siglo de existencia, los libros de texto gratuitos han enfrentado no sólo la polémica por sus contenidos, sino también la crítica ante los errores y las mutilaciones de disciplinas que se han diversificado en las pasadas dos décadas.

En agosto de 1992, durante el sexenio de Carlos Salinas de Gortari, con quien se concretó la descentralización educativa, se presentaron nuevos materiales, con énfasis en la historia patria para darle una tendencia nacionalista, en particular en temas como el porfiriato, la humanización de los héroes y la forma en que era abordada la administración salinista, lo que generó enorme polémica.

Con Ernesto Zedillo se impulsó una profunda reforma curricular en primaria, lo que implicó nuevos cambios a los libros, en particular sobre educación sexual, mientras en el gobierno de Vicente Fox se eliminaron contenidos de educación cívica y ética.

En el sexenio de Felipe Calderón se eliminó de los libros gratuitos el tema de la Conquista y los tres siglos de dominación y colonialismo español.