La Policía Federal (PF) es la corporación de seguridad pública que más recomendaciones por violaciones a garantías ha recibido por parte de la Comisión Nacional de los Derechos Humanos (CNDH) en años recientes.

De 2014 a la fecha suma 30 recomendaciones por agresiones como tortura, desaparición forzada, agresión sexual, ejecuciones extrajudiciales y detenciones arbitrarias. En ese periodo, la Secretaría de la Defensa Nacional tiene 15 y la Secretaría de Marina 19.

De 2002 a la actualidad la PF ha recibido 80 recomendaciones de la CNDH, la mayoría fueron aceptadas, aunque con cumplimiento parcial; otras más totalmente, cinco con un proceso insatisfactorio y cuatro han sido rechazadas.

Además, de 2012 a la fecha, el organismo ha emitido 22 recomendaciones por violaciones graves a derechos, de las cuales ocho se han dirigido por abusos y delitos cometidos por elementos de la PF, cinco por soldados y cuatro por marinos.

Algunos de los casos de violaciones a garantías documentados por el organismo nacional en los que han participado policías federales destacan la llamada masacre de Apatzingán, el 6 de enero de 2015, cuando los uniformados atacaron con armas de fuego a civiles desarmados que se manifestaban en el palacio municipal de ese municipio michoacano. La orden fue: Mátenlos como perros.

Otro son los abusos contra integrantes de la Coordinadora Nacional de Trabajadores de la Educación y pobladores de Nochixtlán, Oaxaca, el 19 de junio de 2016. La CNDH acreditó que policías federales y estatales incurrieron en el uso excesivo de la fuerza, con lo que cometieron graves violaciones a los derechos humanos de la población, incluidos quienes no participaban en los bloqueos, entre ellos menores de edad, mujeres y adultos mayores. Demostró que los uniformados dispararon contra civiles, lo que causó la muerte de al menos cuatro de las siete personas que perdieron la vida por disparos de arma de fuego.

La PF también ejecutó de manera arbitraria a 22 personas de las 42 víctimas mortales (cuatro más de ellas por uso excesivo de la fuerza de los uniformados) durante el operativo de esa corporación realizado en mayo de 2015 en el rancho El Sol, en el municipio de Tanhuato, Michoacán

Uno más de los operativos en los que se dieron violaciones a los derechos humanos y hubo participación de la PF fue el ejecutado contra pobladores y manifestantes en San Salvador Atenco y Texcoco, estado de México, los días 3 y 4 de mayo de 2006, donde se dieron torturas sexuales contra varias mujeres, golpizas y detenciones arbitrarias.

Ese mismo año, esa corporación fue partícipe en los abusos contra los integrantes de la Asamblea Popular de los Pueblos de Oaxaca, en el contexto del movimiento social que se dio en ese estado.

También, junto a elementos del Ejército, policías federales participaron en la desaparición forzada de Edmundo Reyes Amaya y Gabriel Alberto Cruz Sánchez, integrantes del Ejército Popular Revolucionario, el 25 de mayo de 2007 en la capital de Oaxaca.