La Secretaría de la Función Pública será protagonista central en el nuevo gobierno. Se restructurará sustancialmente, partiendo de la compactación de tres subsecretarías para reducirlas a dos: la Subsecretaría de Combate a la Corrupción, Control y Fiscalizacion Gubernamental, y la de Combate a la Impunidad, Responsabilidades y Profesionalización del Servicio Público. De la Subsecretaría de Combate a la Corrupción dependerán las unidades de Control y Auditoría Gubernamental; la de Evaluación y Auditoría del Desempeño, y la de Auditoría y Obra Pública, así como la Dirección General de Auditoría de Cumplimiento y Financiera.

De la Subsecretaría de Combate a la Impunidad se desprenderán las unidades de Responsabilidades Administrativas y Controversias; la de Profesionalización y Servicio Público y Recursos Humanos y la de Registro Patrimonial y de Prevención del Conflicto de Interés, así como las direcciones de Normatividad y Políticas en Contrataciones Públicas y la de Denuncias, Investigaciones y Alertadores Internos.