La cadena de mando del operativo policiaco realizado el 4 de mayo de 2006 en San Salvador Atenco incluyó a funcionarios tanto federales como estatales, ya que ambos participaron en la planeación del mismo, la definición de los propósitos que perseguía y los distintos escenarios que podrían ocurrir.

De acuerdo con un documento de la indagatoria realizada en 2007 por la Suprema Corte de Justicia de la Nación (SCJN) sobre el caso, la noche del 3 de mayo autoridades federales y estatales sostuvieron un encuentro en el municipio de Texcoco con la finalidad de estudiar detalles de las acciones que se realizarían al día siguiente.

Por el gobierno federal asistieron Eduardo Medina Mora, titular de la Secretaría de Seguridad Pública; Miguel Ángel Yunes García, coordinador nacional del Consejo de Seguridad Pública; Ardelio Vargas Fosado, jefe del Estado Mayor de la Policía Federal Preventiva (PFP), y Ramón Pequeño García, delegado estatal del Centro de Investigación y Seguridad Nacional (Cisen).

En cuanto al gobierno del estado de México, participaron Enrique Peña Nieto, entonces gobernador de la entidad; Humberto Benítez Treviño, secretario de Gobierno; Wilfrido Robledo Madrid, titular de la Agencia de Seguridad Estatal (ASE), y Héctor Guevara Ramírez, subsecretario de Gobierno del Valle de México Zona Oriente.

El documento de la SCJN también registra que tras evaluar la situación del 3 de mayo, Peña Nieto y Benítez Treviño subrayaron que la intención del operativo del día 4 sería usar la fuerza pública a fin de desbloquear la carretera Texcoco-Lechería, liberar a los servidores públicos que habían sido retenidos por los civiles inconformes y restablecer el estado de derecho en San Salvador Atenco.

De igual forma, se pretendía recuperar las patrullas, equipo y armamento de distintas corporaciones policiales que los inconformes habían retenido, así como presentar ante la autoridad correspondiente a las personas que fueran detenidas en flagrancia.

La investigación de la Suprema Corte encontró que después de que el gobernador mexiquense y su gabinete se retiraron del lugar, se dio una segunda parte de la reunión, en la cual se definió la estrategia y plan para llevar a cabo dicho operativo, con base en información del Cisen.

En dicho encuentro estuvieron presentes Ardelio Vargas, Ramón Pequeño y Wilfrido Robledo, además de Héctor Sánchez Gutiérrez, coordinador de las fuerzas federales de apoyo de la PFP.

Más tarde se sumaron Rogelio Cortés Cruz y David Vital Espinosa, director de Operaciones y coordinador de Subdirecciones del Valle de México, de la ASE, respectivamente.

Ahí se realizaron una serie de evaluaciones acerca del “impacto probable que podía generarse si representantes del Ejército Zapatista de Liberación Nacional (EZLN) se trasladaban a San Salvador Atenco, como lo habían anunciado en un acto de la denominada La otra campaña”.