Francisco Mayorga Castañeda asumirá por segunda ocasión la Secretaría de Agricultura, Ganadería, Desarrollo Rural, Pesca y Alimentación (Sagarpa), donde también desempeñó, de 2000 a 2002, el cargo de director en jefe de Apoyos y Servicios a la Comercialización Agropecuaria (Aserca).

El 28 de septiembre de 2005 y hasta el 30 de noviembre de 2006 asumió la titularidad de Sagarpa. Durante ese lapso le tocó participar en la entrega de los recursos de apoyo a los productores afectados por los huracanes Stan y Wilma, y casi al concluir su gestión acordó las políticas y lineamientos de bioseguridad para el maíz conjuntamente con la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales.

Ex colaborador de Alberto Cárdenas Jiménez durante su gestión como gobernador en Jalisco, Mayorga Castañeda se ha pronunciado en contra de la renegociación del Tratado de Libre Comercio de América del Norte (TLCAN), y ha asegurado que México tiene mayores ventajas al mantener dicho acuerdo.

Egresado del Instituto Tecnológico Autónomo de México, con maestría en administración de empresas en el Instituto Tecnológico y de Estudios Superiores de Monterrey, el ahora titular de Sagarpa se ha pronunciado en contra de suspender la entrega de recursos a los productores durante las procesos de campañas de elección federal, pues el trabajo del campo es una actividad productiva y no de consumo. Conocedor de los ciclos agrícolas, de la ganadería y de los procesos de comercialización, ya que en Jalisco tiene empresas vinculadas con el sector agropecuario, el funcionario de 58 años fomentó, como director en jefe de Aserca, el cambio de cultivos y se ha pronunciado en favor de tener una agricultura programada y acorde al potencial de las regiones.