Está acusado de liderar junto a su hermano Juan Orlando Hernández, una conspiración de narcotráfico violenta y auspiciada por el Estado.

Leonel Rivera, ex jefe de Los Cachiros, dijo que el mandatario hondureño era socio de un ex compañero suyo, Geovanny Fuentes.  

Además accedió a que las fuerzas armadas ayudaran al traficante a transportar la droga.