El caso que marcó su administración fue el atentado contra el comunicador e integrante del Frente de Pueblos en Defensa de la Tierra y el Agua de Morelos, Puebla y Tlaxcala, Samir Flores Soberanes, en febrero de 2019. En los seis años transcurridos desde el ataque, las investigaciones han permanecido en un absoluto estancamiento, sin avance alguno que permita disipar las sospechas de encubrimiento e incluso complicidad por parte de quienes deberían esclarecerlo. En noviembre de 2022, familiares de víctimas lo acusaron de encubrir a servidores públicos involucrados en el caso de las fosas clandestinas de Tetelcingo, donde al menos hasta 2014 la entonces procuraduría general de Morelos arrojó casi 120 cadáveres, en algunos casos sin haber realizado las diligencias debidas para identificarlos, y en otros en evidente comisión de desaparición forzada, pues los cuerpos fueron inhumados sin notificar a las familias, pese a conocerse su identidad.

Ese mismo noviembre, trató de ocultar el feminicidio de Ariadna Fernanda, quien fue asesinada en un departamento de la colonia Roma y encontrada sin vida en las inmediaciones de la carretera La Pera-Cuautla, en Tepoztlán. Carmona presentó un dictamen forense falso en el que excluyó que la joven hubiera sufrido violencia y la revictimizó al achacar su muerte a una grave intoxicación alcohólica, lo cual fue desmentido con evidencias. Posteriormente, salieron a relucir sus nexos con el presunto feminicida y pruebas de sus adulteraciones para ayudar al agresor.

En agosto de 2023, la Fiscalía de la Ciudad de México logró detenerlo a fin de procesarlo por su complicidad en el feminicidio, pero fue liberado y restituido en su cargo debido a la movilización del Poder Judicial, incluida la Suprema Corte de Justicia de la Nación, para levantar un cerco de impunidad en torno a este personaje que encarna la podredumbre alcanzada por los aparatos de procuración e impartición de justicia en las postrimerías del periodo neoliberal. Por ello, su remoción definitiva constituye una nueva oportunidad para hacer valer la vigencia de las leyes, y está claro que debe darse un seguimiento puntual a todos los señalamientos que pesan en su contra hasta esclarecer su papel en los episodios mencionados y, si así procede, fincarle las sanciones correspondientes.

En cuanto a las acusaciones que Carmona Gándara ha lanzado al ex gobernador de Morelos y diputado federal Cuauhtémoc Blanco Bravo, es evidente que su veracidad ha de investigarse de manera exhaustiva, con apego a derecho y sin ninguna protección por parte de sus correligionarios; si bien se sabe que entre el político y el ex fiscal existe una fuerte animosidad, la gravedad de la supuesta falta del legislador obliga a despejar cualquier duda y a no repetir en su figura los fraudes a la justicia que beneficiaron a su adversario.