El vuelo civil estadounidense proveniente de Luisiana aterrizó en Fortaleza (noreste) hacia las 16H15 locales (19H15 GMT).
Las autoridades de Brasil confirmaron en una nota oficial por la noche que viajaron 111 brasileños.
Se estima que todos ellos habían agotado los recursos legales para permanecer en Estados Unidos, dijo una fuente gubernamental a la AFP.
"La Policía Federal entró en el avión para retirar las esposas de los hombres", informó la nota del gobierno brasileño. "También había niños y mujeres en el vuelo, sin esposas", detalló.
Por la noche, una aeronave de la Fuerza Aérea de Brasil trasladó a 97 de los 111 deportados desde Fortaleza hasta Belo Horizonte (sudeste), a donde aterrizaron cerca de las 22H00 locales (01H00 GMT del sábado).
Otros 16 pasajeros optaron por quedarse en la primera ciudad, dijo la fuente gubernamental.
Belo Horizonte es destino habitual para vuelos de deportación desde Estados Unidos, pero la escala en Fortaleza se planificó para reducir el tiempo de viaje hasta territorio brasileño y, por tanto, el tiempo en que los pasajeros debían permanecer esposados.
Este es el segundo vuelo con brasileños deportados desde que Donald Trump anunció una política agresiva de expulsión de inmigrantes indocumentados tras asumir la presidencia de Estados Unidos el 20 de enero.
El gobierno brasileño había dicho que este vuelo sería "objeto de evaluación con vistas a la organización de próximos vuelos".
Brasil conformó esta semana un "grupo de trabajo" con representantes estadounidenses para "garantizar la recepción humanizada" a deportados, informaron las autoridades.
La medida se tomó luego de que el gobierno convocara al encargado de negocios de Estados Unidos en Brasília para pedirle explicaciones por el "tratamiento denigrante" a un primer contingente de expulsados el 26 de enero, que fueron esposados durante el viaje y que descendieron a territorio brasileño con los grilletes puestas.
Según testimonios de pasajeros de ese vuelo, también se vieron privados de condiciones mínimas de comodidad, como aire acondicionado, agua y acceso a los baños.
Una fuente del gobierno de Brasil explicó días atrás a la AFP que esta serie de deportaciones no guarda "relación directa" con la operación contra inmigrantes iniciada por Trump.
Los vuelos se insertan "en otro contexto: un entendimiento bilateral entre Brasil y Estados Unidos, de 2017, que permanece en vigor", dijo la fuente.
Según cifras de la Policía Federal, 94 vuelos con más de 7.500 deportados llegaron a Brasil desde Estados Unidos entre 2020 y 2024.