En el siglo XVI se confrontaron la Reforma protestante (con sus distintas modalidades) y la Contrarreforma católica. Además se desarrolló la llamada Reforma radical, una de cuyas vertientes fue el movimiento anabautista, del que formó parte Baltasar Hubmaier, quien nació en 1480 o 1481, en Friburgo, Alemania. Recibió su doctorado en teología el 29 de septiembre de 1512.

A partir de la Pascua de 1515 tuvo a su cargo la vicerrectoría de la Universidad de Ingolstadt, en la que permaneció menos de un año porque el 25 de enero de 1516 aceptó ser el predicador principal de la nueva Catedral de Regensburgo. Residió por cinco años en la ciudad, durante los cuales alcanzó fama entre el pueblo como gran predicador.

A finales de 1520 Hubmaier salió de Regensburgo para dirigirse a Waldshut, una pequeña ciudad en el sur de Alemania, a orillas del río Rhin. Formaba parte de las tierras hereditarias de los Habsburgo que se administraban desde Ensisheim en Alsacia. Baltasar Hubmaier comenzó a leer obras de Erasmo, Martín Lutero y Felipe Melanchthon a la par de las epístolas paulinas del Nuevo Testamento. Para 1523 ya estaba identificado con la causa evangélica.

Hacia la primavera de 1523 inicia contactos con los reformadores de Zúrich, Ulrico Zuinglio, y Juan Ecolampadio, de Basilea. El trato con ellos y la lectura constante de la Biblia que había iniciado meses antes le llevaron a poner en práctica cambios eclesiásticos y litúrgicos en Waldshut. Presiones de Fernando I al concejo de la ciudad, para que dejara de apoyar la reforma de Hubmaier, resultaron en la salida del personaje, quien tuvo que refugiarse en Schaffhausen a partir del 1º de septiembre de 1524 y regresó poco más de un mes después. Bajo persecución escribió en septiembre/octubre de 1524 el tratadito Sobre los herejes y quienes los queman, probablemente el “primer texto de la Reforma dirigido específicamente al tema de la libertad de disentir”, según H. Wayne Pipkin y John H. Yoder, autores del volumen que recoge los escritos de Hubmaier.

Como otros que rompieron con la Iglesia católica romana y se adhirieron a distintas vertientes de la Reforma evangélica (se le comenzó a llamar protestante en 1529 a partir de la Segunda Dieta de Espira), Baltasar Hubmaier se unió al movimiento anabautista, el cual fue duramente combatido por teólogos católicos y también por reformadores magisteriales. A estos últimos se les llama así porque tuvieron el respaldo de los magistrados, las autoridades, lo que posibilitó la existencia de iglesias estatales que prohibieron la expresión de otras confesiones religiosas.

Sus adversarios llamaron a los anabautistas (rebautizadores) de esta forma porque rechazaron el bautismo de infantes, el que, según su entendimiento, carecía de bases bíblicas, y practicaron el bautismo voluntario de personas conscientes del acto en el que participaban. El domingo de Pascua de 1525 (15 de abril) Guillermo Reublin bautizó a Hubmaier. Reublin formó parte de los discípulos de Zuinglio, entre ellos estaban Conrado Grebel y Félix Mantz, que tuvieron discrepancias con su mentor sobre el bautismo de infantes y la simbiosis Estado-Iglesia en Zúrich. La ruptura con Zuinglio tuvo un punto de quiebre el 21 de enero de 1525, cuando Grebel, Mantz, Jorge Cajacob y Guillermo Rublin, entre otros, llevaron a cabo el bautismo de creyentes, iniciando así las congregaciones anabautistas.

El 12 de marzo de 1525 fueron publicados los Doce artículos de los campesinos, cuyos redactores fueron Sebastián Lotzer y Christoph Shappeler, párroco de Memmingen. Hubmaier participó en la elaboración del documento. No está claro si como uno de los redactores o solamente como revisor del escrito. Ya fuese de una u otra forma, él tenía simpatía por los rebeldes que propugnaban una reforma que no se quedara solamente en lo religioso, sino que también transformara el injusto orden sociopolítico y económico. Como se sabe, la Guerra de los Campesinos (1524- 25) terminó trágicamente y a favor de las autoridades gubernamentales que reprimieron bárbaramente a los participantes en el movimiento.

La mayoría de la población de Waldshut fue bautizada por Hubmaier, incluso varios integrantes del concejo, por esto el poblado llegó a ser conocido como una ciudad anabautista. En el lugar se consolidó una Iglesia de creyentes, con bautizados voluntariamente. Quienes rehusaron bautizarse pudieron continuar viviendo en la localidad y no se les obligó a renunciar a la religión que profesaban para unirse al anabautismo. Entonces hubo Iglesia anabautista mayoritaria pero no Iglesia de Estado.

Hubmaier salió de Waldshut el 5 de diciembre de 1525, un día antes de que tropas católicas recuperaran el control de la ciudad. En julio de 1527 autoridades austriacas arrestaron a Hubmaier, lo juzgaron y condenaron a muerte. Fue llevado a la hoguera en Viena el 10 de marzo de 1528. Tres días después Elisabeth, su esposa, fue ahogada por los verdugos en el río Danubio. En Sobre los herejes y quienes los queman, Hubmaier había escrito que “los inquisidores son los mayores herejes de todos, ya que en contra de las enseñanzas y el ejemplo de Cristo han condenado a los herejes a las llamas. Quemar a un hereje es aparentemente confesar a Cristo, pero en realidad es negarlo”.