El 17 de julio de 1928 fue asesinado el presidente electo, Álvaro Obregón, a manos de José León Toral, un fanático católico que formaba parte de una conspiración de religiosos y laicos católicos miembros de la Liga Defensora de las Libertades Religiosas, que le había declarado la guerra al Estado mexicano y veía en Obregón su principal amenaza.

Concluido su mandato en noviembre de 1924, Obregón se trasladó a Sonora para dedicarse a labores agrícolas. Parecía que se retiraría de la escena política nacional. Sin embargo, hacia 1926 decidió regresar al poder e instruyó a sus partidarios en el Congreso para reformar el artículo 83 constitucional que impedía la relección. El nuevo artículo la permitió si no era consecutiva.

En mayo de 1927 inició su campaña, apoyado por parte del Ejército y el Partido Nacional Agrarista. Sus rivales fueron los generales Arnulfo R. Gómez y Francisco Serrano, quienes al parecer fraguaron un fallido complot contra Obregón que fue descubierto, por lo que fueron arrestados y fusilados. Para entonces, Obregón era implacable con sus enemigos. El ejercicio del poder presidencial había acentuado sus rasgos autoritarios y no tenía piedad para acabar con quienes se atrevían a desafiar su poder.

La campaña electoral resultó particularmente difícil debido a la crisis por la guerra cristera y a la inconformidad de quienes rechazaban la relección. Un grupo conservador, vinculado a la jerarquía católica y a los cristeros, decidió eliminar al general invicto de la Revolución y llevó a cabo varios atentados para acabar con su vida.

El primer atentado ocurrió en Estados Unidos, donde un fanático católico, John Mc Dowell, disparó contra el camarote del tren en que Obregón viajaba de Los Ángeles a Tucson en enero de 1926.

El segundo tuvo lugar en abril de 1927, cuando un grupo de jóvenes católicos, entre ellos, Luis Segura Vilchis, Humberto Pro y Nahum Lamberto Ruiz, intentó volar sin éxito el tren en que iba Obregón cerca de Tlalnepantla.

El tercer atentado fue el 13 de noviembre cuando una bomba alcanzó el automóvil en que viajaba Obregón por el Bosque de Chapultepec. El caudillo salió ileso. Los agresores, Luis Segura Vilchis y Juan Tirado, junto con el sacerdote Miguel Agustín Pro y su hermano Humberto, fueron fusilados el 23 del mismo mes. Un cuarto atentado, ingenuo, por decir lo menos, se dio en Celaya en abril de 1928, cuando la joven María Elena Manzano fue enviada a un baile en honor a Obregón para que lo sacara a bailar y le clavara una lanceta envenenada, pero ella ni siquiera pudo entrar al convite.

El ambiente político se hizo más tenso con el estallido de dos bombas detonadas por el mismo grupo de conspiradores católicos, en la Cámara de Diputados el 23 de mayo y en el Centro Obregonista el 30 de eses mes.

Quienes conspiraban para matar al caudillo se convencieron de que el único camino era encontrar a una persona que estuviera dispuesta a sacrificar su vida para asesinarlo de manera directa.

Quien se abocó a esa tarea fue el padre José de Jesús Jiménez, párroco de la iglesia de Santa María la Ribera, quien formaba parte de esa liga y tenía contactos con la Unión del Espíritu Santo, organización clandestina de aquella. Encontró al candidato en José de León Toral, jefe cristero en la colonia Santa María, de quien era confesor, un joven muy influenciable. León Toral, además, tenía motivos personales de venganza. Era amigo de Humberto Pro y cuando se enteró de su fusilamiento fue al velorio. Quedó impactado al ver su cuerpo ensangrentado y en ese momento juró vengarlo. El padre Jiménez lo fue convenciendo y preparando para el magnicidio. Aunque lo convenció y adiestró solo, el padre Jiménez estaba en comunicación con los jefes de la conspiración.

Obregón ganó las elecciones el 1º de julio de 1928. El día 17 asistió a una comida en su honor en el restaurante La Bombilla, en San Ángel. Poco antes de la una de la tarde, cuando arribó al lugar, saludó a la concurrencia y se tomó fotografías con los comensales.

León Toral lo había estado siguiendo en las semanas anteriores. Ese día fue a oír misa a la casa de Concepción Acevedo de la Llata, la madre Conchita. Supo de la comida en honor de Obregón y se desplazó hacia el restaurante. Toral se ganaba la vida haciendo dibujos y se valió de eso para acercarse al caudillo. Hizo varias caricaturas de los ahí reunidos. Caminó lentamente hacia la mesa de honor y mostró las dos caricaturas de Obregón que había hecho. Éste accedió complaciente a ver los bocetos.

A las 2:20 de la tarde, mientras el presidente electo contemplaba los bocetos, León Toral desenfundó una pistola automática y le disparó seis descargas a quemarropa. El general cayó sin vida al suelo. En medio del caos, el asesino fue detenido. Obregón fue velado en la noche en Palacio Nacional.

Toral fue torturado, enjuiciado y ejecutado en febrero de 1929. La investigación del crimen no castigó a todos los responsables, en los que había miembros de la jerarquía católica. Se limitó a fusilar a León Toral, como asesino material, y a encarcelar a la madre Conchita como autora intelectual.

El asesinato de Obregón generó una crisis política y un vacío de poder que fue aprovechado por el presidente en funciones, Plutarco Elías Calles, para crear el Partido Nacional Revolucionario para que ahí se resolvieran todas las disputas por el poder de los siguientes años, abriendo el tránsito, como dijo el propio Calles, de un país de caudillos a uno de instituciones.