En respuesta a las acusaciones del presidente Andrés Manuel López Obrador de que el Centro de Derechos Humanos Miguel Agustín Pro defendió a víctimas y victimarios en el caso de la desaparición de los jóvenes de Ayotzinapa, el organismo rechazo las imputaciones las que consideró "falsedades y descalificaciones especialmente graves porque provienen del Jefe del Ejecutivo".

Y añadió: "lo dicho en la conferencia es falso. Nuestra labor, junto con otras organizaciones respetadas de la sociedad civil, ha sido defender los intereses y derechos de las familias, poniendo la a víctimas al centro. Eso nos ha llevado a denunciar la existencia de la tortura en la investigación inicial que llevó a la 'verdad histórica', que paradójicamente es la que hoy respalda el Presidente con sus dichos".

Reivindicaron su trabajo de 35 años en la defensa de los derechos humanos en México , por lo que consideraron que estas descalificaciones obedecen " a que no hemos callado nuestros señalamientos sobre la persistencia en el presente de la impunidad, la violencia y el encubrimiento al ejército. ".

Desmintieron que hayan promovido un recurso legal en contra de la designación de la nueva titular de la Comisión Nacional de Búsqueda ,Teresa Guadalupe Ryes pero ratificaron sus críticas a que el procedimiento no fue el adecuado . "Aclaramos también que nuestro trabajo es apartidista y se guía por los estándares internacionales de derechos humanos. El Centro Prodh cuenta con el pleno respaldo para esta labor de la Provincia Mexicana de la Compañía de Jesus".