El 7 de agosto de 1900, los hermanos publicaron el primer número del semanario Regeneración. El 5 de febrero de 1901 asistieron al Congreso Liberal en San Luis Potosí. El 7 de octubre la policía asaltó la imprenta, Jesús y Ricardo fueron detenidos y torturados. Antes de quedar libre, Jesús comunicó a su hermanos que había decidido casarse y se retiraba de la lucha.

Dos años después, Ricardo y Enrique fundaron el periódico El Hijo del Ahuizote, que también fue reprimido. Siguieron en la clandestinidad hasta 1905, cuando se trasladaron a Estados Unidos. El 28 de septiembre relanzaron Regeneración.

En 1906 publicaron el Programa del Partido Liberal Mexicano y en junio de ese año estalló la huelga en Cananea. Desde la clandestinidad convocaron a los militantes a prepararse para iniciar la revolución el 20 de octubre en Ciudad Juárez. Fueron delatados y varios dirigentes, aprehendidos. Ricardo y Enrique lograron evadirse, pero no pudieron regresar a San Luis, Misuri, donde la policía había ocupado el local de Regeneración.

En diciembre de 1906 se inició la huelga textil que desembocó en la masacre del 7 de enero de 1907 en Río Blanco. El 23 de agosto, Ricardo fue detenido en Los Ángeles quedando preso tres años. Fue liberado en agosto de 1910. El 3 de septiembre reapareció Regeneración, donde se pronunció contra el movimiento encabezado por Francisco I. Madero. El 19 de noviembre escribió un artículo llamando al pueblo a unirse bajo la bandera del Partido Liberal y bajo el grito de ¡tierra y libertad! Era la hora del pueblo, ellos habían combatido a la tiranía durante 15 años, habían preparado las condiciones para la revolución, pero no era el Partido Liberal Mexicano el que recogía el fruto. Afirmaba que la revolución convocada por Madero era un engaño que conduciría al pueblo a un sacrificio inútil.

No obstante la oposición de Ricardo, algunos militantes se unieron sin condiciones al movimiento de Madero, otros se integraron bajo la bandera del Partido Liberal, pero no lograron avanzar. El joven dirigente Práxedis Guerrero abandonó su responsabilidad en el partido, formó su ejército en el noroeste de Chihuahua, sin confrontar a los maderistas; quizá fue quien comprendió mejor cuál debería ser la postura de los militantes y seguidores del PLM en ese momento, pero cayó en combate el 30 de diciembre de 1910.

El 29 de enero de 1911 se intentó la revolución liberal de Mexicali, que terminó sofocada, dejando la injusta acusación de filibustero y traidor a la patria contra Ricardo Flores Magón.

En los años siguientes siguió la campaña contra el gobierno de Madero, pero el 25 de junio de 1912 se le condenó junto con su hermano Enrique y otros liberales a purgar 23 meses de cárcel por haber violado las leyes de neutralidad. Fue liberado en enero de 1914, retomando la publicación de Regeneración hasta el 18 de enero de 1916, cuando fueron detenidos de nuevo los dos hermanos, Enrique fue sentenciado a tres años, Ricardo salió libre a los seis meses. El 23 de junio de 1917 publicó en Regeneración un artículo contra la guerra, acusando al capitalismo. El 9 de febrero de ese año anunció que su hermano Enrique y Teresa, la esposa de éste, dejaban el periódico. Se desmoronaba el último reducto del partido. Los escasos militantes se dividieron, unos siguieron las posturas de Ricardo, otros las de su hermano.

El 16 de marzo de 1918 Ricardo publicó el manifiesto dirigido a los anarquistas y a los trabajadores del mundo, anunciando el fin de la burguesía. Saludó el triunfo de la revolución rusa y en el mismo número escribió un artículo exaltando a Lenin. La confrontación con el capitalismo de Estados Unidos no podía haber sido más cruda y decidida. Fue el último número de Regeneración. Días después Ricardo fue encarcelado junto con Librado Rivera, 20 años para él, 15 para Rivera. La indomable y persistente rebeldía de Ricardo provocó que el gobierno de Estados Unidos lo condenara a prisión hasta que se pudriera; así lo expresó él mismo en una carta.

La salud de Ricardo se fue derrumbando en los años siguientes sin dinero y sintiéndose abandonado; sin embargo, cuando el diputado Antonio Díaz Soto y Gama propuso en el Congreso que se le destinara una pensión, Ricardo la rechazó tajantemente por provenir del gobierno.

En 1920 surgió una luz en su vida, la joven anarquista Lily Sarnoff le escribió bajo el nombre de Ellen White iniciándose una relación epistolar hasta el día de su muerte. De ese intercambio se conservaron 42 cartas de Ricardo, la primera del 6 de octubre de 1920, la última del 12 de noviembre de 1922, donde expresa su deseo de conseguir un permiso para permanecer dos meses en Estados Unidos antes de ser deportado. Al final de esa carta escribió: “Cuando, desde mis riscos natales, trate de percibir los vagos contornos de las riberas del Norte en que yacen dispersos los restos del naufragio de tantas esperanzas más, murmuraré con un suspiro: ‘Yo quise deciros algo –mis blondos hermanos–, yo quise deciros algo, pero no me pudisteis comprender’”.

Nueve días después, el 21 de noviembre de 1922, Ricardo Flores Magón murió. De acuerdo con la biografía que escribió Claudio Lomnitz, desde el traslado de los restos surgieron conflictos entre María, la viuda, y Enrique. También trató de impedir que Nicolás Bernal, líder del grupo anarquista Ricardo Flores Magón, publicara las cartas y su obra, lo que dio lugar a que los integrantes de este grupo recordaran que María no era realmente esposa de Ricardo, ni Lucía su hija, que ambas estaban utilizando el prestigio de Ricardo para pervertir sus ideales como anarquista.

La biografía revolucionaria de Ricardo Flores Magón es asombrosa. Nació el 16 de septiembre de 1873, vivió 49 años, dedicando 30 a luchar por el pueblo. La bibliografía dedicada a esa lucha es inmensa; sin embargo, de sus últimos años, de la separación de Enrique, del distanciamiento con la esposa, de su relación sentimental con Elen White y de su asesinato, se sabe muy poco.