Aunque dijo ser respetuoso de la autonomía de las universidades públicas, el presidente Andrés Manuel López Obrador cuestionó la falta de transparencia que existe en el manejo de los recursos públicos que se les entregan. Anunció que dará un informe sobre todas las partidas presupuestales que se trasladan tanto a universidades públicas como de las participaciones federales a los estados.

Consideró que los rectores universitarios deberían rendir informes públicos sobre el manejo de los recursos que se les entregan. Cuestionó que hay universidades en donde grupos tienen el control desde hace 30 o 40 años, pues controlan al Consejo Universitario y a los consejos de cadas facultades para que todo sea legal, pero en realidad se manejan como caciques quienes encabezan esas instituciones.

Para López Obrador hace falta más transparencia en las universidades públicas por lo que, sin violar la autonomía universitaria sugirió que rindan información al respecto.