Eduardo Fernández ya había sido detenido por las autoridades mexicanas en 2003. El 27 de febrero de aquel año fue arraigado por la entonces Procuraduría General de la República, que lo investigó por delitos de lavado de dinero, violación al secreto bancario, abuso de autoridad y ejercicio indebido del servicio público. Ello luego de una denuncia que acusaba al ex funcionario de vender en 100 millones de pesos al entonces senador priísta Enrique Jackson información financiera de los Amigos de Fox, grupo que aportó recursos para la campaña de Vicente Fox hacia la presidencia de México en el año 2000. Luego de 30 días, Fernández fue liberado.