Desde su inauguración, en 1969, el Sistema de Transporte Colectivo Metro ha sufrido al menos cinco incidentes graves.

El primero ocurrió el 20 de octubre de 1975, al chocar dos trenes en la estación Viaducto de la línea 2, en el cual fallecieron 31 personas y resultaron lesionadas más de 70.

El percance se debió a un error humano del conductor del convoy que salió de la estación Chabacano, quien no atendió la instrucción de frenado y colisionó con el tren que estaba estacionado en Viaducto.

El segundo más grave fue el desplome, el 3 de mayo de 2021, de una trabe del viaducto elevado en la línea 12 que ocasionó la muerte de 26 personas y lesiones a más de un centenar.

Las investigaciones de la Fiscalía capitalina determinaron que se debió a la falta y mala colocación de pernos, así como al uso de materiales no adecuados para las instalaciones, deficiencias de origen en el diseño y errores en su construcción.

Antes, el 10 de marzo de 2020 chocaron dos trenes en la estación Tacubaya de la línea 1 con saldo de una persona fallecida y unas 40 lesionadas. El accidente se atribuyó también a omisiones de personal en los procedimientos de seguridad.

El 9 de enero de 2021 se incendió el puesto de control 1 en el complejo Delicias del Centro Histórico. Una oficial de la Policía Bancaria falleció al intentar ponerse a salvo y se afectó el servicio en seis líneas.

En 2015, el 4 de mayo, el deslizamiento de un convoy en pendiente alcanzó a otro, lo que ocasionó lesiones a una docena de personas. Un trabajador murió durante un accidente en las maniobras para retirar los trenes.