Durante su ejercicio como titular de la Secretaría de Seguridad Pública (SSP) en el sexenio de Felipe Calderón, Genaro García Luna fue acusado de permitir diversas violaciones a las garantías básicas, y aunque su gestión recibió recomendaciones de la Comisión Nacional de los Derechos Humanos (CNDH), éstas no fueron aceptadas o cumplidas.

Uno de esos casos fue el de la pelea ocurrida el 14 de junio de 2010 entre dos grupos de internos del penal de Mazatlán, Sinaloa, en la que murieron 28 hombres y resultaron heridos dos policías estatales, un recluso y un custodio.

De acuerdo con la recomendación 62/2010 de la CNDH, al intervenir diversos agentes de corporaciones de seguridad para restablecer el orden en el penal, se vulneraron los derechos de los internos a la seguridad personal y jurídca, así como a la vida y la legalidad.

Sin embargo, la SSP se negó a aceptar el señalamiento luego de sostener que sus integrantes no participaron en los hechos y que la riña entre supuestos narcotraficantes de grupos rivales ocurrió en una cárcel estatal.

Un segundo caso tiene que ver con la desaparición y asesinato del ingeniero Jethro Ramsés Sánchez Santana, detenido por elementos de la Policía Federal (PF) el 1º de mayo de 2011 en la Feria de la Primavera en Cuernavaca, Morelos, luego de sostener una pelea con otro hombre en dicho sitio.

Según la recomendación 38/2012 de la CNDH, la PF entregó a ambos detenidos al Ejército. Más tarde, Sánchez Santana apareció muerto y con señales de tortura, y aunque los últimos responsables de los hechos fueron elementos militares, el organismo autónomo señaló que policías federales también cometieron violaciones a los derechos humanos. Tampoco en este caso la institución dirigida por García Luna aceptó el señalamiento.

Un caso más en el que se menciona la probable responsabilidad de la PF en una violación grave de derechos humanos es el de la detención arbitraria y desaparición forzada de los primos José Ángel y Nitza Paola Alvarado, así como de la sobrina de ésta última, Rocío, cometidos el 29 de diciembre de 2009 en el municipio de Buenaventura, Chihuahua.

Por aquel episodio la CNDH emitió la recomendación 43/2011, en la que señaló que los agravios contra la familia Alvarado fueron cometidos tanto por militares como por agentes de la PF, pero en su momento García Luna sostuvo que no había señalamientos directos de los testigos contra los policías, por lo que dicho expediente tampoco fue aceptado por la SSP.