En enero de 2001 Joaquín El Chapo Guzmán Loera cambió el panorama de las organizaciones dedicadas al narcotráfico que operaban desde México. Su organización se nutrió de capos como Ismael El Mayo Zambada; Juan José Esparragoza Moreno, El Azul, y los hermanos Beltrán Leyva, desmantelando el poderío del cártel de Juárez que aun tras la muerte Amado Carrillo Fuentes, junto con los Arellano Félix, eran los grupos más poderosos en la zona del Pacífico.

El cártel de Sinaloa se convirtió en la mayor organización criminal a escala internacional y Guzmán Loera fue declarado el enemigo público número uno de Estados Unidos, al tiempo que evitó que se conformara una federación de cárteles.

Dieciocho años después de la fuga de El Chapo, el cártel de Sinaloa se escindió dando origen a nuevos grupos. De uno de ellos surgió el cártel Jalisco Nueva Generación (CJNG), hoy considerado el más peligroso y con mayor presencia en territorio nacional.

Funcionarios federales no descartan que tras la condena a cadena perpetua de El Chapo Guzmán el cártel de Sinaloa enfrente nuevas divisiones, pero Ismael El Mayo Zambada se posiciona como jefe de la organización.

Tras su fuga en enero de 2001, Guzmán Loera sumó a sus filas a personajes como los hermanos Arturo y Alfredo Beltrán Leyva, quienes participaban como encargados de seguridad en el cártel de Juárez. Sin embrago, en enero de 2008, luego de que fue detenido Alfredo Beltrán, El Mochomo, se rompió la alianza entre estos grupos. Un año más tarde, personal de la Secretaría de Marina abatió en Cuernavaca, Morelos, a Arturo Beltrán Leyva.

Uno de los factores que posibilitaron el crecimiento del cártel de Sinaloa fue la captura de Benjamín Arellano Félix, líder del llamado cártel de Tijuana o del Pacífico, en 2002 en el estado de Puebla.

Otro de los llamados capos históricos que se alió con El Chapo fue Ignacio Nacho Coronel Villarreal, quien también buscó crear su propia organización y fundó el grupo armado que inicialmente se conocería como Los Matazetas.

Coronel Villarreal, quien llegó a formar parte del cártel de Juárez y rompió con Guzmán Loera en 2010, fue abatido en julio de ese año por efectivos del Ejército Mexicano.

Los Matazetas se convirtieron en el transcurso del tiempo en lo que hoy se conoce como el cártel Jalisco Nueva Generación, al unirse no sólo familiarmente, Nemesio Oseguera Cervantes, El Mencho, con sus cuñados dirigidos por Abigail González Valencia (Arnulfo, Elvis, Eder Edén, Marisa y Noemí), conocidos como Los Cuinis.

Las divisiones en el cártel de Sinaloa transformaron el mapa del narcotráfico: los hermanos Beltrán Leyva formaron su propia organización, la cual también se dividió a partir de 2010 dando como resultado el surgimiento de 17 grupos que actualmente operan en Puebla, Guerrero, Morelos, la Ciudad de México, estado de México y Oaxaca, entre ellos Guerreros Unidos y Los Rojos (ambos involucrados en la desaparición de los 43 estudiantes de la Escuela Normal Rural de Ayotzinapa), Los Ardillos, el cártel del Sur y el cártel Independiente de Acapulco.

Informes de la Fiscalía General de la República y de la Policía Federal consideran que las grandes organizaciones del narcotráfico que operan en territorio nacional y tienen presencia en Estados Unidos actualmente son los cárteles Jalisco Nueva Generación, el de Sinaloa, el de Juárez (con su brazo armado conocido como La Línea), el de los Arellano Félix, Los Zetas, el del Golfo, la Nueva Empresa (ex Familia Michoacana) y al menos 70 bandas, la mayoría con nexos con los cárteles, que operan en todo el país.