La historia de la Policía Federal se remonta a los últimos meses de 1999, en el sexenio de Ernesto Zedillo, y cuando Francisco Labastida Ochoa fungía como secretario de Gobernación y se perfilaba para ser el abanderado del PRI a la Presidencia de la República

La propuesta era conformar una corporación federal que se encargara de prevenir el delito y apoyara en labores de seguridad pública a los gobiernos municipales y estatales. La nueva policía se denominó Policía Federal Preventiva (PFP) y su plantilla inicial se conformó con 5 mil elementos de la Policía Militar.

La PFP nació en una administración priísta, pero su desarrollo inicial se dio con el panista Vicente Fox, ya que ganó las elecciones en 2000. En esa administración surgió por primera vez la Secretaría de Seguridad Pública (SSP) a la cual pertenecería la PFP, y ello trajo consigo la desaparición de la antigua Policía Federal de Caminos, que se transformó en la División de Despliegue Regional.

A lo largo de casi 19 años, la PF ha vivido diversas transformaciones, su mayor crecimiento ocurrió durante el gobierno de Felipe Calderón, cuando la SSP recibió recursos para que la corporación pasara de un estado de fuerza de 10 mil a casi 30 mil agentes, se construyera el Centro de Mando en la Ciudad de México y se crearan seis divisiones más y su nombre quedara solamente como Policía Federal.

De 2012 a 2018, en el gobierno de Enrique Peña, desapareció la SSP, el organismo se denominó Comisión Nacional de Seguridad, que llevó el mando de la PF, aunque ambas instancias quedaron adscritas a la Secretaría de Gobernación.