La construcción del Tren Maya impactará la flora y la fauna de zonas ecológicas sensibles del sureste de México y alterará usos y costumbres de las comunidades indígenas, por lo que el gobierno federal debería proponer medidas de mitigación y sujetar la obra a la legislación en la materia, la cual es bastante sólida y con madurez comparable a la de otros países, según José Juan González Márquez, especialista en derecho ambiental de la Universidad Autónoma Metropolitana (UAM).

Dado que la obra no cuenta con un proyecto ejecutivo y de ingeniería de conceptos, la administración no tendrá tiempo de construirla, pues tan sólo elaborar el plan, llevar a cabo la manifestación del impacto ambiental, el estudio técnico justificativo para el cambio de uso de suelo, permisos y autorizaciones que marca la legislación, tomarán entre tres y cuatro años.

González Márquez señaló que antes que pensar en realizar un proyecto de esta magnitud –que tendría una longitud de mil 525 kilómetros y pasasaría por Tabasco, Campeche, Chiapas, Yucatán y Quintana Roo– el gobierno federal debe elaborar una manifestación del impacto ambiental para identificar daños ecológicos y sociales que pudiera causar en una de las zonas ecológicas más sensibles del país.

Al presentar sus libros Tratado de derecho ambiental mexicano. La responsabilidad por el daño ambiental; Tratado de derecho ambiental mexicano. Las instituciones fundamentales del derecho ambiental, y Tratado de derecho ambiental mexicano. Propiedad, aprovechamiento sustentable y protección de los recursos naturales, el universitario dijo que aunque se tienda a pensar que llevar a cabo obras donde hay pobreza es benéfico, no siempre resulta así”.