Después de la masacre de Tlatelolco, en medio de un clima de brutal represión y persecución incesante, el movimiento estudiantil intentó reorganizarse; la suspensión de actividades en las escuelas se mantuvo, pero la organización estaba desarticulada y sus principales líderes se encontraban presos. Prevalecía un ambiente de temor.

La clase política hegemónica, junto con los medios masivos de información, salvo contadas excepciones, se volcaron en apoyo y justificación de la decisión tomada en Tlatelolco, en un hecho que marcaría la historia contemporánea de México. Ya nada volvería a ser igual.

En el extranjero circulaba información e imágenes de la matanza, e incluso en una docena de países, principalmente de Europa, se daban actos de repudio a esta masacre y de solidaridad con los estudiantes mexicanos. Los XIX Juegos Olímpicos fueron inaugurados el 12 de octubre, justo cuando en el extranjero se protestaba por lo ocurrido en Tlatelolco.

Durante las siguientes semanas al 2 de octubre, lo que quedaba del Consejo Nacional de Huelga (CNH) emitió pronunciamientos, realizó asambleas, brigadas informativas y algunos mítines, además de organizar apoyos a los presos políticos. Ciudad Universitaria sería entregada por los estudiantes hasta el 4 de diciembre.

Tres días después de los hechos de Tlatelolco, el 5 de octubre, el CNH emitió su primera versión de lo ocurrido, donde dio la cifra de 190 muertos:

Los estudiantes no provocaron ni prepararon o realizaron los sangrientos sucesos del 2 de octubre. Quienes dieron pretexto para la represión militar fueron grupos de individuos que ametrallaron al Ejército y al pueblo, los cuales se identificaban entre sí por medio de un guante o venda en la mano izquierda, los mismos que fueron vistos por algunos estudiantes hacer arrestos y acatar órdenes de las autoridades policiacas. El grupo mencionado causó la muerte con su acción a 150 civiles y 40 militares. El propósito de la brutal represión del 2 de octubre era aprehender a todos los miembros del CNH para descabezar al movimiento.

Lo que siguió al 2 de octubre

3 de octubre. El Senado afirma que el Ejecutivo federal actuó apegado a la Constitución y a la legalidad. Fuera de los círculos oficiales hay indignación, estupor y condena por la matanza. La policía continúa con el cateo de edificios de Tlatelolco y casas de las zonas aledañas en busca de estudiantes.

4 de octubre. Octavio Paz renuncia a su cargo de embajador en India como protesta por la masacre de Tlatelolco.

5 de octubre. Arrestan a otros líderes y son llevados al Campo Militar Número Uno, donde se les somete a torturas y vejaciones. Sócrates Amado Campos Lemus, líder estudiantil y miembro del CNH, se revela como un agente infiltrado del gobierno. El CNH emite su primer pronunciamiento sobre Tlatelolco.

9 de octubre. En conferencia en la Casa del Lago, el CNH declara Tregua Olímpica, del 12 al 28 de octubre, en la que no habría manifestaciones ni declaraciones.

10 de octubre. Leonardo Femat da a conocer una cinta sonora de 30 minutos, grabada durante los hechos más cruentos de Tlatelolco, donde se oyen las ráfagas de disparos, lamentaciones y peticiones de auxilio de los heridos.

12 de octubre. Los XIX Juegos Olímpicos se inauguran en medio de protestas nacionales e internacionales. Una paloma negra pintada en un papalote sobrevuela el palco presidencial durante la apertura y el presidente Gustavo Díaz Ordaz recibe una severa rechifla mientras dice su breve discurso.

26 de octubre. Del Campo Militar Número Uno son liberados 67 estudiantes que estaban detenidos.

2 de noviembre. En el Día de Muertos, justo un mes después de los hechos, en la Plaza de las Tres Culturas se realiza un acto en memoria de los caídos. El religioso franciscano de la iglesia de Santiago Tlatelolco se niega a oficiar una misa por los muertos.

21 de noviembre. El CNH vota por unanimidad el retorno a clases, tras una asamblea celebrada en la Facultad de Medicina de la Universidad Nacional Autónoma de México. Los representantes presidenciales les habían insinuado que el gobierno tenía el propósito de clausurar la universidad, el Politécnico y la Normal, es lo que argumentaron para decidir el retorno a las actividades académicas.

4 de diciembre. En la explanada principal de Zacatenco, con asistencia de poco más de 5 mil personas, se da a conocer la resolución de levantar la huelga, después de 130 días.

6 de diciembre. El CNH queda oficialmente disuelto, tras una reunión en la Escuela Superior de Ingeniería Mecánica y Eléctrica del Instituto Politécnico Nacional.

En su quinto Informe de Gobierno, el primero de septiembre de 1969, el presidente Gustavo Díaz Ordaz afirmaría: Asumo íntegramente la responsabilidad personal, ética, jurídica, política e histórica, por las decisiones del gobierno en relación con los sucesos del año pasado. Y con estas palabras eximía de toda responsabilidad a su secretario de Gobernación, Luis Echeverría Álvarez, y con ello, también, le abría el camino a la Presidencia de la República.