En la Unidad Académica de Ciencias Biológicas de la Universidad Autónoma de Zacatecas (UACB-UAZ) se trabaja en el aislamiento de cepas de bacterias y hongos del suelo y en la secuenciación de genomas de esos microorganismos para el biocontrol de enfermedades en el cultivo de chile.

Ya fueron registrados en el Centro Nacional de Información Biotecnológica, banco internacional de genes ubicado en Estados Unidos, ocho genomas bacterianos secuenciados.

El proyecto de investigación, que empezó en 2013, se realiza con el apoyo del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (Conacyt), es liderado por Saúl Fraire Velázquez, quien informó que en la primera etapa de esta investigación se aislaron bacterias y hongos de la rizósfera –parte del suelo en proximidad con las raíces–, de plantas silvestres y cultivadas de suelos agrícolas y forestales, así como de áreas contaminadas por residuos mineros en los municipios de Sombrerete, Río Grande, Fresnillo, General Enrique Estrada, Zacatecas, Guadalupe, Trancoso y Ojocaliente, de Zacatecas.

Obtuvimos 650 cepas de bacterias y 700 de hongos con morfología macro y microscópica y características de crecimiento distintivas, señaló el experto a la Agencia Informativa Conacyt.

Explicó que una de las enfermedades más frecuentes en la planta de chile, conocida como marchitez o secadera, es causada principalmente por cuatro patógenos que ocasionan pudrición y necrosis en la raíz, entre los que están los hongos Fusarium solani, Fusarium oxysporum, Rhizoctonia solani y el oomiceto Phytophthora capsici.

De ese escrutinio seleccionamos 26 cepas de bacterias que inhiben al menos en 60 por ciento el crecimiento de cada uno de estos cuatro agentes patógenos. Encontramos que la mitad es amigable con la planta y la otra, hostil (necrotrófica).

Lo anterior permitió definir un grupo de seis bacterias capaces de inhibir a los cuatro patógenos que afectan desde la raíz a la planta de chile y que, a la vez, son amigables con ella.

Con el uso de un secuenciador de nueva generación de marca Illumina, el equipo de investigadores logró secuenciar el genoma de ocho bacterias. Hoy día, el grupo de científicos trabaja con herramientas de bioinformática mediante software especializado para ensamblar los respectivos genomas a partir de las miles de lecturas obtenidas con el secuenciador y después proceder a la anotación de dichos genomas, esto es, la determinación del número total de genes, así como la función biológica que desempeña cada uno de ellos.

“En los primeros genomas bajo estudio hemos encontrado hasta 3 mil 802 genes, y en las bacterias amigables en planta de chile hay un grupo que se distingue porque permite al microorganismo alimentarse de los exudados de la raíz y establecer una asociación benéfica con la planta. En este grupo también hemos hallado que una cepa es capaz de inhibir en 80 por ciento el crecimiento del patógeno Colletotrichum lindemuthianum, hongo causante de la enfermedad llamada antracnosis en planta de frijol”, expuso.

Fraire informó que la siguiente etapa consiste en realizar estudios en condiciones de invernadero para definir las formulaciones más adecuadas para las bacterias seleccionadas, así como los consorcios entre ellas que aporten efecto benéfico en forma aditiva o sinérgica para después probarlas en el campo, procurando las condiciones necesarias en las cuales el microorganismo sea capaz de subsistir por un periodo para establecerse en la rizósfera en planta de chile.

Como planta de trasplante, en ese momento se puede proceder con la inoculación con la bacteria benéfica para darle ventaja en la defensa con mayor eficacia ante los agentes patógenos, concluyó.