Tras casi tres décadas de medidas de protección de la vaquita marina, la especie está al borde de la extinción, con apenas tres decenas de ejemplares. Desde 1950 el Alto Golfo de California, hábitat de la especie, está considerado de alta diversidad biológica y productividad. En los 70 se empezó a reportar la existencia de la vaquita, con una población reducida y amenazada.

A principios de los 90 el gobierno federal emprendió acciones para proteger la especie, endémica del Golfo de California. En 1993 se decretó la reserva de la biosfera Alto Golfo de California y Delta del Río Colorado. En 1997 se estableció el Comité Internacional para la Recuperación de la Vaquita y en 2005 se constituyó el Grupo Alto Golfo Sustentable, detalla el Programa de Acción para la Conservación de la Especie (Pace), puesto en marcha en 2008, que planteó acciones para la eliminación de redes agalleras y de enmalle, recursos para la reconversión productiva, programa de vigilancia y apoyos para el aprovechamiento sustentable de la región.

En 1997 un estudio para determinar la densidad poblacional de la especie, encontró que había 567 ejemplares. La mayoría de avistamientos fueron cerca del puerto de San Felipe, Baja California.

En 2015 se informó que la muerte de la vaquita estaba asociada a la captura clandestina de la totoaba, la cual se pesca ilegalmente para obtener el buche, que se comercia en el mercado asiático hasta en 12 mil dólares el kilo.

El 10 de abril vence la veda de dos años en la región, aplicada cuando había unos cien ejemplares; hasta el año pasado quedaban 30 pero se han reportado dos muertos en los últimos días. La Procuraduría Federal de Protección al Ambiente anunció que la veda se extendería al menos por el resto del año.