La violencia que ha generado la la disputa de rutas de narcotráfico entre grupos criminales que operan en los estados de Guanajuato, Michoacán y Aguascalientes ha afectado a municipios de Jalisco que se consideraban de baja incidencia delictiva, como La Barca, Zapotlanejo y Lagos de Moreno, que se localizan en las regiones de Los Altos y la Ciénaga.

Funcionarios que participan en el gabinete de seguridad nacional informaron que organizaciones como los cárteles Jalisco Nueva generación (CJNG), de Sinaloa, Los Zetas, Los caballeros templarios, células de La familia michoacana, un grupo denominado La tercera hermandad (escisión de los templarios) han sido quienes han provocado la violencia que se ha extendido hasta la zona centro del estado de Jalisco y que ha repercutido en diversos enfrentamientos en la zona de Zapotlanejo.

Una de los primeras evidencias del gran nivel de violencia que los grupos ejercían para apoderarse de territorios es la ubicación de laboratorios de drogas sintéticas.

En 2013, el descubrimiento de una veintena de fosas clandestinas con más de 70 cuerpos inhumados en el municipio de La Barca, Jalisco, por pugnas entre los cárteles JNG y Los caballeros templarios, dejó al descubierto la violencia de los grupos criminales.

Las ejecuciones fueron cometidas por integrantes del CJNG, presuntamente en contra de miembros de Los caballeros templarios.

Uno de los hechos que más ha marcado la violencia de grupos delincuenciales en el estado de Jalisco ocurrió el primero de mayo de 2015, cuando integrantes del CJNG se enfrentaron a elementos del Ejército y derribaron un helicóptero.

La persecución contra Nemesio Oseguera Cervantes, El Mencho, líder del CJNG, provocó bloqueos en diversas carreteras.

Asimismo, indicaron las fuentes consultadas, el municipio de Tlajomulco de Zúñiga, una zona tradicionalmente en poder de una sola organización y hasta 2013 bajo el control del cártel de Sinaloa, se transformó en tierra de combate entre organizaciones rivales, debido a que en ese lugar se han descubierto varios centros de producción de drogas sintéticas.