ausa gran escándalo en la primavera de 1871, al hacer pública su conversión al protestantismo. El origen de la conmoción entre las cúpulas eclesiásticas católicas de la ciudad de México es que Manuel Aguas, fraile dominico, había ocupado varios lugares de relevancia en el clero. El último de ellos fue el de confesor del cabildo de la Catedral de México.
El 16 de abril del año mencionado Manuel Aguas dirige una extensa carta al superior de los dominicos, Nicolás Arias, en la cual explica que cuando todavía fungía como párroco de Azcapotzalco, primeros meses de 1868, se inicia un proceso de revisión de sus creencias católicas romanas. La génesis de tal proceso es la llegada a sus manos de folletería protestante distribuida por núcleos de creyentes evangélicos, particularmente del principal de ellos: el liderado por Sóstenes Juárez en la calle San José el Real, número 21 (junto a la Profesa, en las actuales calles de Isabel la Católica esquina con Madero), en la ciudad de México. Sóstenes era un liberal que combatió a las fuerzas de ocupación francesas y fue encarcelado por encabezar manifestaciones contra el régimen de Maximiliano de Habsburgo.
El caso de Manuel Aguas trasciende los círculos eclesiásticos, porque la misiva en la que traza las razones para abandonar el catolicismo es reproducida íntegramente en El Monitor Republicano. De ahí la toman diversas publicaciones periódicas del país y la dan a conocer a sus lectores. La pieza escrita provoca polémicas entre conservadores y liberales. Los primeros expresan sus enconadas críticas al nuevo ministro protestante, sobre todo en el diario La Voz de México. Los segundos concuerdan en que Aguas tiene el derecho, protegido por las Leyes de Reforma, para elegir y practicar su nueva identidad religiosa. Las tribunas en que se manifiesta esta postura son, principalmente, El Monitor Republicano y El Federalista.
El siempre atento a lo que sucedía en la sociedad mexicana y para entonces en la cúspide de su fama Ignacio Manuel Altamirano asiste a la apertura de San José de Gracia (Mesones 139) como lugar de cultos protestantes. El domingo 23 de abril de 1871 la llamada Iglesia de Jesús, movimiento en el que Aguas desempeña un papel preponderante, tiene actos en San José de Gracia que Altamirano consigna de la siguiente forma: “La concurrencia era inmensa, hasta el punto de llenar completamente la nave del templo durante todo el día. Sabemos que se colocaron mil 500 sillas, las cuales no bastaron, y numerosos fieles quedaron en pie (…) La concurrencia era compuesta de todas clases, sexos y edades: señoritas, caballeros, artesanos, numerosos indígenas. Todos estaban confundidos en un solo sentimiento de verdadera fraternidad, según el espíritu del Evangelio, y todos leían en sus rituales y cantaban sus himnos”.
El 21 de junio se hace pública la excomunión de Manuel Aguas. El documento es breve pero saturado de estigmatizaciones contra Aguas. Además de apóstata, hereje y errático, la sentencia lo considera cismático, contumaz, obstinado, extraviado, criminal, ofensor, inmoral, en ruina espiritual, destructor, heterodoxo, irrespetuoso, desobediente, temerario, pernicioso, rebelde y falto de gratitud a la Iglesia católica.
El ex dominico responde en un escrito de 71 páginas (contestación que el presbítero Manuel Aguas da a la excomunión que en su contra ha fulminado el señor obispo Antonio Pelagio de Labastida), que comienza a circular en la segunda quincena de agosto. Desde las primeras líneas muestra la posición frontal que asume contra el eclesiástico católico que se opuso férreamente a la Constitución de 1857 y las Leyes de Reforma; promotor principal del imperio de Maximiliano. Se refiere al señor obispo de la secta romana establecida en México
como contrario a las enseñanzas del Evangelio. En un lenguaje que nunca antes había sido usado en México para explicar las razones para salir del catolicismo, Aguas es tajante al escribir: Plenamente convencidos los protestantes de que vuestra iglesia no es una, ni santa, ni católica, ni apostólica, creemos que es una secta herética, sacrílega e idólatra, y por esto nos hemos apresurado a separarnos de ella
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Manuel Aguas y la congregación de San José de Gracia son los principales centros de difusión del protestantismo no sólo en la ciudad de México, sino también en otras entidades del país, como Oaxaca y Chiapas. En la capital del país y entidades circundantes la Iglesia de Jesús, informa Aguas, conforma o se adhieren a ella células prexistentes y juntas suman 60 congregaciones. En Mesones 139 se reúnen en los tres servicios dominicales más de 3 mil personas. La prensa de la época refiere lo que ahí acontece, unas veces para denostarlo sin ambages y otras con simpatía, porque va conformándose una alternativa religiosa al catolicismo romano.
El caso de Manuel Aguas deja plena constancia de una vertiente del protestantismo decimonónico mexicano que arroja fuertes evidencias sobre su carácter endógeno. Es decir, el enraizamiento del protestantismo en el país no puede explicarse exclusivamente por los esfuerzos misioneros exógenos que promovieron esa creencia. Junto con Manuel Aguas, antes y después, hubo hombres y mujeres nacionales que por distintas vías y esfuerzos inician y/o consolidan comunidades protestantes, en las cuales el rol de los misioneros extranjeros protestantes es inexistente o mínimo.
Manuel Aguas muere tras una larga y dolorosa enfermedad (un mal hepático) el 18 de octubre de 1872, hace 140 años. Fallece a los 42 años, según la mayoría de las fuentes; otras indican que tenía 46. Fue sepultado en el panteón Americano.