Sacerdotes católicos, que fueron conocidos como los Padres Constitucionalistas, se organizaron en 1854 y formaron un grupo que se caracterizó por criticar duramente a la cúpula clerical y buscar una alternativa al que llamaban fariseísmo contrario a las enseñanzas del Evangelio.

Los Padres Constitucionalistas se identificaron con la causa de los liberales que buscaban romper el dominio que sobre las instituciones estatales tenía el conservadurismo religioso, se dedicaron a explorar la posibilidad de crear la Iglesia mexicana, libre del dominio de Roma. Sobre todo uno de ellos, Manuel Aguilar Bermúdez, iría más allá de la crítica para establecer una congregación distanciada de la Iglesia católica romana.

Los sacerdotes progresan en su organización a partir del 15 de agosto de 1859. Entonces dan a conocer, en la Ciudad de México, un documento donde manifiestan que su objetivo es “la observación verdadera de la santa y justa doctrina de Jesucristo”, y no reproducir “la costumbre del clero y su disciplina [que] parece más bien una secta errónea”. Denuncian que el arzobispo ha tenido conductas farisaicas, al infundir odio en el clero hacia las reformas liberales. El grupo solicita ser apoyado “para promover las reformas [y] convocar sacerdotes pacíficos, que reconociendo en todo al supremo gobierno, sometiéndose a la Constitución y leyes que de ella emanen, nos ayuden alarmadas por las predicaciones sediciosas de los falsos ministros” que atacan las Leyes de Reforma juaristas.

Lázaro de la Garza y Ballesteros, arzobispo de México, expide el 29 de julio, una carta pastoral para criticar y rechazar en todos sus términos la legislación juarista. La reacción del arzobispo de México y obispos de otras entidades del país contra los Padres Constitucionalistas fue pronta y contundente. Los tachan de cismáticos, “sinagoga de Satanás, iglesia protestante e invención del jansenismo”. Además acusan a “los liberales de romper la unidad del país y de buscar la introducción de nuevas sectas”.

El 11 de enero de 1861 Benito Juárez entró triunfante a la capital del país, luego de tres años de cruento enfrentamiento armado con los conservadores. Solamente cuatro días después los Padres Constitucionalistas firman una declaración de principios y luego la hacen pública en la prensa. Manifiestan que están ejerciendo un sacerdocio distinto al católico romano predominante, y solicitan un espacio en que puedan desarrollar libremente su ministerio.

A la solicitud del grupo de sacerdotes disidentes las autoridades civiles responden otorgándoles en la capital de la nación el templo de la Merced. Pocos días después los Padres Constitucionalistas reciben del gobierno la iglesia de la Santísima Trinidad, ubicada en las actuales calles de la Santísima y Emiliano Zapata, en el Centro Histórico de la Ciudad de México.

En 1861 y 1862 la casa de Manuel Aguilar Bermúdez es centro de reuniones para una veintena de personas de distintas edades. Hay lecturas bíblicas, intercambio de opiniones y, esporádicamente, Aguilar oficia de forma sencilla la Santa Cena, la cual imparte bajo las dos especies, el pan y el vino, elementos que distribuía arrodillado. El domicilio estaba localizado en el número 4 de la calle de la Hermandad de San Pablo, renombrada después Primera de Cuevas. Actualmente es la calle de Jesús María, en el tramo comprendido entre Fray Servando (antes Cuauhtemotzin) y San Pablo.

Los Padres Constitucionalistas marcaron distancia con el catolicismo romano al desconocer al papado, celebrar la misa en español, dejarse crecer la barba y montar a caballo, vistiéndose de charro en lugar de llevar ropa talar, de acuerdo con Arcadio Morales, personaje que se involucró a partir de enero de 1869 en las primeras comunidades evangélicas/ protestantes en la capital mexicana. En 1862 el abogado y teólogo católico Javier Aguilar Bustamante consideraba que los sacerdotes disidentes “quieren seguir el ejemplo de los [protestantes] del XVI. Promueven la separación o división de la Iglesia universal”.

En 1864 Manuel Aguilar Bermúdez junto con Sóstenes Juárez, entre otros abrieron actividades de la Sociedad Evangélica en San José el Real 21, que corresponde hoy a Isabel la Católica número 13. El grupo sería semillero de liderazgos protestantes que se articularon a partir de 1872 principalmente con misioneros extranjeros metodistas y presbiterianos.

El respaldo del gobierno juarista a los sacerdotes liberales no crea la disidencia religiosa de éstos con Roma y la jerarquía que la representaba en México, sino que le otorga mejores condiciones para que se expresara. Sería un error concluir que es el anticlericalismo juarista el único factor que hace posible el surgimiento de los Padres Constitucionalistas. Ellos ven fortalecidos sus esfuerzos por construir un catolicismo diferente (que terminará rompiendo con el tradicional) a la llegada de un régimen favorable a sus ideas.